22世纪初，有巨日产龙携神石从天外而降，地球只剩下最后一片绿欧产洲。来自外星的神秘军队为寻找神石而美韩降临地球，他们自称是神，他们将要占领人类最后的系区家园。面对外敌入侵，地球人利用神石唤醒体内沉睡已久的远古基因，于是，星武战士诞生别3。16部分强大的星武战士为率领人类共御外敌，组建星武联9入盟，最终击退“大魔王”。三百年后，一个神秘少年来到星珠城。而他的出现，才是一切的口开始。